Очнувшись в секретной лаборатории, Каллум Линч узнает, что накануне был казнен и его смерть зарегистрировали. Также ему становится известно, что ученым необходимо получить его генетические воспоминания, что стало возможным благодаря новейшим революционным технологиям. Погруженный в Анимус, он переживает приключения своего предка Агилара, который жил в Испании в далеком XV столетии. Он был одним из лучших наемных убийц того времени, который выполнял задание повышенной сложности. После эксперимента, все умения предка передались Каллуму, и он стал настоящим смертельным оружием. Теперь ему необходимо применить свои новые навыки в борьбе с рыцарями ордена тамплиеров, только уже в наше время...